振込先事前登録を利用した振込データ作成時に、登録の要否[修正内容で振込先事前登録を上書きする]にチェックを入れることで反映されます。 
詳しい操作方法は「操作マニュアル（総合／給与 振込サービス編）　第2部　第3章　4　（2）　振込先明細を修正、削除する」をご参照ください。